Sebagai tanah air dan leluhurnya suku Batak, Pulau Samosir juga merupakan destinasi wisata budaya, khususnya adat tradisi, kesenian dan kebudayaan Batak. Di Pulau Samosir dapat dijumpai jajaran rumah-rumah adat berupa panggung kayu dengan berbagai hiasan dan bentuk penuh makna, tugu-tugu megah, makam para leluhur suku Batak dan gereja-gereja anggun.
Di Ambarita, Kecamatan Simanindo, terdapat sebuah bekas perkampungan bernama Huta Sialagan yang dibangun Raja Sialagan dengan luas 2400 m2. Terdapat sepasang patung Jaga Dopak, yang merupakan patung penjaga. Di perkampungan ini bisa dijumpai sisa pagar batu yang kokoh, sopo (rumah pertemuan) dan beberapa rumah adat.
Desa Tuktuk Siadong, juga Kecamatan Simanindo, adalah pusat konsentrasi turis di Pulau Samosir. Di desa ini, terdapat penginapan asri, lengkap dengan keteduhan pepohonan besar serta nyanuian burung-burung. Dari Parapat, Tuktuk dapat dicapai menggunakan feri penyeberangan dengan waktu tempuh sekitar 30 menit. Selain perhubungan air, Pulau Samosir juga dapat dicapai lewat jalan darat melalui Pangururan yang menjadi tempat di mana Pulau Samosir dan Pulau Sumatera terhubung, melalui Jembatan Tano Ponggol.
Menurut sejarah, Pulau Samosir dulunya berada dalam satu daratan dengan Pulau Sumatera, berbentuk sebuah tanjung di Danau Toba. Bagian paling sempit dari Samosir adalah di Pangururan, yang hanya memiliki lebar sekitar 300 meter. Warga zaman dulu menyeret perahu agar bisa pindah ke sisi Danau Toba yang satunya, daripada harus megitari Samosir. Pemerintah kolonial Hindia Belanda kemudian membangun kanal sungai yang mempertemukan kedua sisi Danau Toba. Perahu bisa lewat dari satu sisi Danau Toba, ke sisi lainnya melalui kanal sungai tersebut tanpa mengitari Samosir. Dengan dibangunnya kanal sungai tersebut, terputuslah Samosir dengan daratan Pulau Sumatera sehingga bisa dikatakan telah resmi menjadi sebuah pulau, Pulau Samosir.
Sementara di Desa Tomok, masih dalam wilayah Kecamatan Simanindo, merupakan sebuah desa yang ramai karena banyak dijumpai pedagang cinderamata, rumah makan, dan para wisatawan. Di Desa Tomok ini dapat ditemukan pertunjukan Tarian Sigale-gale, yakni patung atau boneka dengan wujud pria yang tangan dan badannya bisa bergerak-gerak dan menari-nari dengan diiringi musik tradisional Batak.
Di Pulau Samosir ini juga terdapat dua buah danau kecil sebagai daerah destinasi wisata alam yakni Danau Sidihoni dan Danau Aek Natonang yang mendapat julukan "danau di atas danau".